MŠK Žilina

Škriniar bắt đầu sự nghiệp chơi bóng tại đội bóng quê nhà FK Žiar nad Hronom, trước khi chuyển đến MSK Zilina. Ngày 27 tháng 3 năm 2012, ở tuổi 17, anh có trân đấu chính thức đầu tiên cho Zilina trong trận đấu tại Giải bóng đá vô địch quốc gia Slovakia với Zlaté Moravce.[1]

Trong 4 năm rưỡi thi đấu cho Zilina (trong đó có 6 tháng được đem cho mượn tại Zlaté Moravce), Škriniar có tổng cộng 93 lần ra sân và ghi được 13 bàn thắng, giành chức vô địch Giải bóng đá vô địch quốc gia Slovakia và Cúp Quốc gia Slovakia.[1]

Sampdoria

Ngày 29 tháng 1 năm 2016, Škriniar chuyển đến Serie A thi đấu cho Sampdoria theo hợp đồng 4,5 năm.[2]

Inter Milan

Ngày 7 tháng 7 năm 2017, Škriniar chính thức ký hợp đồng có thời hạn 5 năm với Inter Milan.[3] Để có được Škriniar, Inter đã phải chi số tiền chuyển nhượng khoảng 20 triêự € cộng với tiền đạo Gianluca Caprari[4], giúp Škriniar trở thành cầu thủ Slovakia có giá trị chuyển nhượng cao nhất lịch sử.[5]

Trong mùa giải đầu tiên tại Inter Milan, Škriniar đá đủ 38 trận đấu tại Serie A 2017-18 và đóng góp 4 bàn thắng. Anh có 167 lần phá bóng thành công, 23 lần chặn dứt điểm thành công, cao nhất tại Inter và xếp lần lượt thứ 6 và 7 của Serie A.[6][7]